1994년 11월 20일 서울 근교 발암교에서 일어난 의문의 폭발 사건. 사건을 추적하던 열혈 사회부 기자 이방우(황정민) 앞에 어느 날 오랫동안 연락이 끊겼던 고향 후배 윤혁(진구)이 나타난다. 그는 일련의 자료들을 건네며 발암교 사건이 보여지는 것과 달리, 조작된 사건임을 암시한다. 발암교 사건의 진실을 파헤치기 위해 이방우는 동료 기자 손진기(김상호), 성효관(김민희)과 특별 취재팀을 꾸리는데… 하지만 취재를 방해하는 의문의 일당들로 인해 그들은 위험에 처하게 된다. 서서히 정체를 드러내는 정부 위의 정부, 검은 그림자 조직. 이들은 누구이며, 이들의 목적은 무엇인가.